Hướng dẫn kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ theo đúng quy định

Việc kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ thường phát sinh khi doanh nghiệp phát hiện sai sót sau khi đã kê khai thuế kỳ trước. Nếu không xử lý đúng cách và kịp thời, doanh nghiệp có thể đối mặt với rủi ro bị phạt hoặc truy thu thuế. Bài viết này sẽ giúp bạn hiểu rõ khi nào cần điều chỉnh khác kỳ, hướng dẫn cách kê khai theo đúng quy định hiện hành và nắm được thời hạn khai bổ sung hồ sơ thuế để chủ động xử lý chính xác.

1. Khi nào cần kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ?

Từ ngày 01/07/2026, Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC chính thức có hiệu lực, về hóa đơn, chứng từ. Một nội dung đáng chú ý là quy định mới về kê khai hóa đơn điều chỉnh, đặc biệt trong trường hợp hóa đơn điều chỉnh được lập khác kỳ so với kỳ phát sinh hóa đơn gốc.

Căn cứ Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP quy định về khai bổ sung hồ sơ khai thuế như sau:

Điều 12. Khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác

1. Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác theo quy định tại khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế và quy định tại Điều này. Việc khai bổ sung hồ sơ khai thuế bảo đảm xác định đầy đủ, chính xác nghĩa vụ thuế nhưng không làm thay đổi hiệu lực của các kết luận, quyết định xử lý qua thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền.

Căn cứ khoản 6 Điều 23 Nghị định 181/2025/NĐ-CP quy định về khai bổ sung khấu trừ thuế GTGT đầu vào

6. Trường hợp cơ sở kinh doanh phát hiện số thuế giá trị gia tăng đầu vào khi kê khai, khấu trừ bị sai, sót thì được khai thuế trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định kiểm tra thuế, thanh tra thuế như sau:

a) Người nộp thuế thực hiện khai bổ sung vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót nếu việc khai thuế vào tháng, quý phát sinh số thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm tăng số thuế phải nộp hoặc giảm số thuế được hoàn của tháng, quý đó; người nộp thuế phải nộp đủ số tiền thuế phải nộp tăng thêm hoặc bị thu hồi số tiền thuế đã được hoàn tương ứng và nộp tiền chậm nộp vào ngân sách nhà nước (nếu có).

b) Người nộp thuế thực hiện khai vào tháng, quý phát hiện sai, sót nếu việc khai thuế được thực hiện vào tháng, quý phát sinh thuế giá trị gia tăng đầu vào bị sai, sót làm giảm số tiền thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế giá trị gia tăng còn được khấu trừ chuyển sang tháng, quý sau.

Đồng thời căn cứ khoản 6 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC hướng dẫn xử lý hóa đơn điện tử:

6. Áp dụng hóa đơn điều chỉnh, thay thế

a) Trường hợp hóa đơn điện tử đã lập sai và người bán đã xử lý theo hình thức điều chỉnh hoặc thay thế theo quy định tại Điều này, sau đó lại phát hiện hóa đơn sai thì các lần xử lý tiếp theo người bán sẽ thực hiện theo hình thức đã áp dụng khi xử lý lần đầu;

b) Trường hợp theo quy định hóa đơn điện tử được lập không có ký hiệu mẫu số hóa đơn, ký hiệu hóa đơn, số hóa đơn đã lập sai thì người bán chỉ thực hiện lập hóa đơn điều chỉnh;

c) Đối với nội dung về giá trị trên hóa đơn điều chỉnh thì bắt buộc điều chỉnh tăng (ghi số dương), điều chỉnh giảm (ghi số âm) đúng với thực tế điều chỉnh;

d) Hóa đơn điều chỉnh đối với trường hợp quy định tại khoản 5 Điều này thì người bán kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, người mua kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh.

Theo đó, Người bán kê khai vào kỳ phát sinh hóa đơn điều chỉnh, người mua kê khai vào kỳ nhận được hóa đơn điều chỉnh đối với các trường hợp sau:

• Điều chỉnh giá trị quyết toán dự án: Khi có sự thay đổi về đơn giá, khối lượng hoặc giá bán theo quy định của pháp luật chuyên ngành sau khi đã quyết toán.
• Chiết khấu thương mại: Trường hợp chiết khấu thương mại căn cứ vào số lượng, doanh số và được lập hóa đơn điều chỉnh (do số tiền chiết khấu lớn hơn giá trị hóa đơn cuối cùng hoặc phát sinh sau khi kết thúc chương trình).
• Trả lại hàng hóa, dịch vụ: Người bán lập hóa đơn điều chỉnh (hoặc người mua lập hóa đơn trả lại hàng) khi người mua trả lại một phần hoặc toàn bộ hàng hóa
• Hoàn phí, giảm phí bảo hiểm: Các trường hợp hoàn phí, giảm phí, giảm hoa hồng môi giới bảo hiểm theo pháp luật kinh doanh bảo hiểm.
• Điều chỉnh chênh lệch giá khí: Trường hợp bán khí thiên nhiên tại thị trường Việt Nam có sự thay đổi giá trị do quy đổi ngoại tệ tại thời điểm thanh toán thực tế.
• Ngân hàng hoàn phí dịch vụ: Khi các tổ chức tín dụng lập hóa đơn điều chỉnh để hoàn phí dịch vụ cho khách hàng

Đối với các trường hợp còn lại, việc kê khai và xử lý vẫn thực hiện theo đúng quy định tại Điều 12 Nghị định 252/2026/NĐ-CP và Luật Quản lý thuế 2025.

Căn cứ điểm đ khoản 1 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC: trường hợp hóa đơn điện tử đã lập có sai sót và người bán đã gửi Bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn điện tử, thì người bán gửi thông tin điều chỉnh hoặc thay thế trực tiếp trên Bảng tổng hợp dữ liệu hóa đơn điện tử của kỳ tiếp theo, không phải gửi Thông báo hóa đơn điện tử đã lập sai đến cơ quan thuế.

2. Cách kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ.

Khi phát sinh hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế, doanh nghiệp cần xác định rõ:

• Loại sai sót phát sinh
• Ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế của kỳ kê khai gốc

Phần mềm kế toán online MISA AMIS cho phép kế toán kê khai thuế nhanh chóng và chính xác nhờ trợ lý ảo MISA AVA. Kế toán chỉ cần nhập lệnh hoặc yêu cầu, hệ thống sẽ tự động tổng hợp số liệu từ sổ sách và lập tờ khai thuế đúng biểu mẫu.

Dùng thử miễn phí

3. Thời hạn kê khai bổ sung hồ sơ khai thuế.

Căn cứ theo khoản 5 Điều 12 Luật Quản lý thuế 2025 như sau:

Khai thuế, khoản thu khác; tính thuế, khoản thu khác; khấu trừ thuế

…

5. Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế, khoản thu khác đã nộp cho cơ quan thuế có sai, sót thì được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết thời hạn nộp hồ sơ khai thuế, khoản thu khác của kỳ tính thuế có sai, sót đối với các trường hợp sau:

a) Trước khi cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền công bố quyết định thanh tra, kiểm tra;

b) Hồ sơ không thuộc phạm vi, thời kỳ thanh tra, kiểm tra thuế, khoản thu khác nêu tại quyết định thanh tra, kiểm tra;

c) Hồ sơ không thuộc trường hợp cơ quan điều tra yêu cầu không được khai bổ sung hồ sơ khai thuế, khoản thu khác để phục vụ điều tra vụ án.

d) Người nộp thuế phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp còn sai, sót liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra dẫn đến phát sinh tăng số thuế phải nộp, giảm số thuế đã được miễn, giảm, hoàn, giảm số thuế được khấu trừ, giảm số thuế đã nộp thừa thì người nộp thuế được bổ sung hồ sơ giải trình với cơ quan thuế. Cơ quan thuế có trách nhiệm rà soát hồ sơ giải trình liên quan đến phạm vi, thời kỳ đã thanh tra, kiểm tra của người nộp thuế, trường hợp chấp thuận hồ sơ giải trình của người nộp thuế thì cơ quan thuế ban hành thông báo chấp thuận cho người nộp thuế điều chỉnh hồ sơ khai thuế.

Người nộp thuế bị xử lý theo quy định như đối với trường hợp cơ quan thuế, cơ quan có thẩm quyền thanh tra, kiểm tra phát hiện. Công chức thanh tra, kiểm tra thuế liên quan đến hồ sơ giải trình chịu trách nhiệm về sai, sót chưa được phát hiện đầy đủ qua kiểm tra trong trường hợp tuân thủ chưa đúng quy định tại điểm o khoản 1 Điều 38 của Luật này.

Theo đó, người nộp thuế được phép khai bổ sung hồ sơ khai thuế trong thời hạn 05 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ tính thuế bị sai sót, nếu đáp ứng các điều kiện quy định.

Kết luận

Kê khai hóa đơn điều chỉnh khác kỳ là một bước quan trọng để đảm bảo tính chính xác và hợp lệ trong tờ khai thuế GTGT của doanh nghiệp. Tùy theo thời điểm phát hiện sai sót và tình trạng thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế, doanh nghiệp cần lựa chọn hình thức điều chỉnh phù hợp để tránh vi phạm. Việc tuân thủ đúng quy trình sẽ giúp giảm thiểu rủi ro về thuế và giữ vững uy tín tài chính của đơn vị.

Để hỗ trợ quá trình này nhanh chóng và chính xác hơn, doanh nghiệp nên ứng dụng phần mềm kế toán online MISA AMIS – giải pháp kế toán số tích hợp công nghệ AI và trợ lý thông minh AVA.

Các tính năng nổi bật của phần mềm kế toán online MISA AMIS:

• AI phát hiện và cảnh báo sai sót chứng từ, giúp tránh kê khai sai ngay từ đầu.

• Tự động lập tờ khai và hỗ trợ kê khai điều chỉnh khác kỳ, phù hợp với quy định mới nhất.

• Trợ lý ảo AVA tư vấn quy trình điều chỉnh thuế, cá nhân hóa theo từng trường hợp.

• Tự động cập nhật luật thuế, biểu mẫu, thời hạn khai bổ sung giúp kế toán luôn theo kịp thay đổi.

Khám phá ngay phần mềm kế toán online MISA AMIS với 15 ngày dùng thử miễn phí – công cụ tài chính hàng đầu cho doanh nghiệp