Hướng dẫn hạch toán thuế tài nguyên chi tiết

Thuế tài nguyên là một khoản thuế quan trọng áp dụng cho tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên thiên nhiên. Trong bài viết này, MISA AMIS sẽ hướng dẫn chi tiết cách hạch toán thuế tài nguyên, những lưu ý quan trọng khi thực hiện kê khai và cách tối ưu quy trình này để đảm bảo tuân thủ quy định, đồng thời giúp doanh nghiệp quản lý tài chính hiệu quả hơn.

1. Thuế tài nguyên là gì?

Thuế tài nguyên là một loại thuế gián thu đánh vào tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên thiên nhiên thuộc chủ quyền quốc gia. Đây là khoản thuế nhằm bù đắp cho sự suy giảm tài nguyên và đảm bảo nguồn thu cho ngân sách Nhà nước.

Bất kỳ doanh nghiệp nào thực hiện hoạt động khai thác tài nguyên như khoáng sản, nước thiên nhiên, hải sản tự nhiên, yến sào thiên nhiên đều có nghĩa vụ kê khai và nộp thuế tài nguyên theo quy định của pháp luật.

Tìm hiểu thêm: Đối tượng chịu thuế và không chịu thuế tài nguyên

2. Nguyên tắc hạch toán thuế tài nguyên – Tài khoản 3336

Theo quy định tại Thông tư 99/2025/TT-BTC, Tài khoản 3336 – Thuế tài nguyên được sử dụng để phản ánh nghĩa vụ thuế tài nguyên của doanh nghiệp đối với Nhà nước. Thuế tài nguyên phát sinh khi doanh nghiệp khai thác tài nguyên thiên nhiên và phải nộp vào Ngân sách Nhà nước theo quy định của pháp luật về thuế.

Tài khoản này dùng để theo dõi số thuế tài nguyên phải nộp, đã nộp và còn phải nộp, bảo đảm phản ánh đầy đủ nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp trong kỳ kế toán.

Tài khoản 3336 không ghi nhận thuế tài nguyên trong giá trị hàng hóa hay doanh thu, mà là một khoản thuế gián thu, tách biệt khỏi các khoản thuế khác trong TK 333.

Việc hạch toán thuế tài nguyên (TK 3336) không quá phức tạp, nhưng để đảm bảo tính minh bạch và nhất quán, kế toán cần nắm rõ và tuân thủ chặt chẽ các nguyên tắc hạch toán trong hệ thống Tài khoản 333 – Thuế và các khoản phải nộp Nhà nước. Cụ thể như sau:

• Doanh nghiệp chủ động tính toán và kê khai thuế số thuế, phí, lệ phí và các khoản phải nộp cho Nhà nước theo đúng quy định pháp luật. Số thuế này cần được phản ánh kịp thời trên sổ kế toán, bao gồm cả thuế phải nộp, đã nộp, được khấu trừ hoặc hoàn thuế để đảm bảo tính minh bạch trong báo cáo tài chính.
• Thuế gián thu, bao gồm thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế xuất khẩu, thuế bảo vệ môi trường và các loại thuế gián thu khác, là khoản thu hộ Nhà nước. Vì vậy, các khoản thuế này không được tính vào doanh thu gộp trên báo cáo tài chính hoặc các báo cáo tài chính khác.
• Doanh nghiệp có thể ghi nhận doanh thu và thuế gián thu phải nộp theo một trong hai phương pháp sau:
  • Tách riêng thuế gián thu ngay tại thời điểm ghi nhận doanh thu: Doanh thu trên sổ sách kế toán không bao gồm thuế gián thu phải nộp, giúp đảm bảo tính nhất quán với số liệu trên báo cáo tài chính.
  • Ghi nhận thuế gián thu bằng cách điều chỉnh giảm doanh thu: Theo phương pháp này, định kỳ kế toán mới ghi giảm doanh thu tương ứng với số thuế gián thu phải nộp, dẫn đến chênh lệch giữa doanh thu sổ sách kế toán và doanh thu gộp trên báo cáo tài chính.
  • Dù áp dụng phương pháp nào, chỉ tiêu “Doanh thu bán hàng, cung cấp dịch vụ” và “Các khoản giảm trừ doanh thu” trên báo cáo kết quả hoạt động kinh doanh đều không bao gồm thuế gián thu phải nộp.
• Kế toán cần phân biệt rõ các khoản thuế được hoàn hoặc giảm dựa trên khâu thuế đã nộp, cụ thể:
  • Thuế đã nộp ở khâu mua được hoàn lại: Ghi nhận giảm giá trị hàng mua, giá vốn hàng bán hoặc chi phí khác. Trường hợp thuế GTGT đầu vào được hoàn lại thì hạch toán giảm số thuế GTGT được khấu trừ.
  • Thuế nhập khẩu đã nộp nhưng hàng nhập khẩu không thuộc quyền sở hữu của doanh nghiệp: Nếu hàng hóa được tái xuất và hoàn thuế, kế toán ghi giảm khoản phải thu khác.
  • Thuế phải nộp khi bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ nhưng sau đó được giảm hoặc hoàn lại: Ghi nhận vào thu nhập khác (ví dụ: hoàn thuế xuất khẩu, giảm thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế GTGT, thuế bảo vệ môi trường).
• Nghĩa vụ thuế trong giao dịch ủy thác xuất – nhập khẩu:
  • Trong giao dịch ủy thác xuất nhập khẩu (hoặc các giao dịch tương tự), nghĩa vụ đối với NSNN được xác định là của bên giao ủy thác.
  • Bên nhận ủy thác được xác định là bên cung cấp dịch vụ cho bên giao ủy thác trong việc chuẩn bị hồ sơ, kê khai, thanh quyết toán với NSNN (người nộp thuế hộ cho bên giao ủy thác).
  • TK 333 chỉ sử dụng tại bên giao ủy thác, không sử dụng tại bên nhận ủy thác. Bên nhận ủy thác với vai trò trung gian chỉ phản ánh số thuế phải nộp vào NSNN là khoản chi hộ, trả hộ trên TK 3388 và phản ánh quyền được nhận lại số tiền đã chi hộ, trả hộ cho bên giao ủy thác trên TK 138. Căn cứ để phản ánh tình hình thực hiện nghĩa vụ với NSNN của bên giao ủy thác như sau:
    • Khi nhận được thông báo về số thuế phải nộp, bên nhận ủy thác bàn giao lại cho bên giao ủy thác toàn bộ hồ sơ, tài liệu, thông báo của cơ quan có thẩm quyền về số thuế phải nộp làm căn cứ ghi nhận số thuế phải nộp trên TK 333.
    •  Căn cứ chứng từ nộp tiền vào NSNN của bên nhận ủy thác, bên giao ủy thác phản ánh giảm số phải nộp NSNN.

3. Cách tính thuế tài nguyên phải nộp

Căn cứ theo Điều 4 Thông tư 152/2015/TT-BTC quy định căn cứ tính thuế tài nguyên là sản lượng tài nguyên tính thuế, giá tính thuế tài nguyên, thuế suất thuế tài nguyên. Theo đó, thuế tài nguyên được xác định theo công thức sau:

Trong trường hợp cơ quan Nhà nước ấn định mức thuế tài nuyên phải nộp trên một đơn vị tài nguyên khai thác thì thuế tài nguyên được tính như sau:

Thuế tài nguyên phải nộp trong kỳ

=

Sản lượng tài nguyên tính thuế

x

Mức thuế tài nguyên ấn định trên một đơn vị tài nguyên khai thác

4. Hạch toán thuế tài nguyên theo Thông tư 99 và Thông tư 200

Thuế tài nguyên được quy định hạch toán theo Thông tư 99/2025/TT-BTC như sau:

• Xác định số thuế tài nguyên phải nộp tính vào chi phí sản xuất chung, ghi:

Nợ TK 627 – Chi phí sản xuất chung (6275)

Có TK 3336 – Thuế tài nguyên.

• Khi nộp thuế tài nguyên vào Ngân sách Nhà nước, ghi:

Nợ TK 3336 – Thuế tài nguyên

Có các TK 111, 112,…

Ví dụ hạch toán thuế tài nguyên theo Thông tư 99/2025

Công ty Cổ phần Xây dựng ABC chuyên khai thác cát làm vật liệu xây dựng. Trong tháng 11, công ty xác định số thuế tài nguyên phải nộp là 200 triệu đồng. Quá trình hạch toán thuế tài nguyên theo Thông tư 200 được thực hiện như sau:

Khi xác định số thuế tài nguyên phải nộp (tính vào chi phí sản xuất chung):

Nợ TK 6275 : 200.000.000 đồng

Có TK 3336: 200.000.000 đồng

Khi công ty thực hiện nộp thuế tài nguyên vào Ngân sách Nhà nước:

Nợ TK 3336 : 200.000.000 đồng

Có TK 111,112: 200.000.000 đồng

5. Kê khai và nộp thuế tài nguyên

5.1 Hồ sơ khai thuế tài nguyên

Căn cứ theo Phụ lục I ban hành kèm theo Thông tư 89/2026/TT-BTC , hồ sơ khai thuế tài nguyên (trừ dầu thô, khí thiên nhiên) bao gồm:

• Đối với hồ sơ khai thuế theo tháng và theo từng lần phát sinh:
  • Mẫu 01/TAIN: Tờ khai thuế tài nguyên, khai quyết toán thuế tài nguyên
  • Mẫu  01-1/TAIN: Phụ lục Bảng phân bổ số thuế tài nguyên phải nộp đối với hoạt động sản xuất thủy điện

5.2 Hướng dẫn kê khai tờ khai thuế tài nguyên

Theo Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế cần thực hiện kê khai theo Mẫu số 01/TAIN. Dưới đây là hướng dẫn chi tiết cách lập hai mẫu tờ khai này.

Phần thông tin chung: 

• [01] Kỳ tính thuế: Ghi rõ tháng hoặc quý phát sinh nghĩa vụ thuế (Mẫu 01/TAIN) hoặc năm quyết toán thuế
• [02], [03] Lần đầu/bổ sung: Tích chọn “Lần đầu” nếu là tờ khai đầu tiên hoặc ghi số thứ tự nếu là tờ khai bổ sung.
• [04] Tên người nộp thuế: Ghi đầy đủ theo giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh.
• [05] Mã số thuế: Ghi đúng mã số thuế của người nộp thuế.
• [06] Tên tổ chức, cá nhân cung cấp dịch vụ làm thủ tục về thuế: Chỉ ghi khi người nộp thuế ủy quyền cho đại lý thuế hoặc đơn vị cung cấp dịch vụ làm thủ tục về thuế.
• [07] Mã số thuế: Ghi mã số thuế của đơn vị cung cấp dịch vụ làm thủ tục về thuế.
• [08] Hợp đồng dịch vụ làm thủ tục về thuế: Ghi số và ngày ký hợp đồng dịch vụ với đại lý thuế (nếu có).
• [09] Địa bàn khai thác: Nếu khai thác ở địa bàn khác với trụ sở chính, cần ghi rõ địa chỉ.
  • Chỉ kê khai khi địa điểm khai thác tài nguyên thuộc tỉnh, thành phố khác với nơi đặt trụ sở chính.
  • [09a] Ghi tên xã, phường hoặc đặc khu đại diện.
  • [09b] Ghi tên tỉnh, thành phố nơi có hoạt động khai thác.

Mục I – Khai thuế tài nguyên theo tháng hoặc theo từng lần phát sinh

Cột số	Nội dung kê khai	Hướng dẫn điền
(1)	Số thứ tự	Đánh số từng loại tài nguyên khai thác.
(2)	Tên loại tài nguyên	Ghi theo giấy phép khai thác.
(3)	Đơn vị tính	Ghi đơn vị đo lường phù hợp (kg, m³, tấn,…).
(4)	Sản lượng tài nguyên tính thuế	Ghi sản lượng khai thác trong kỳ.
(5)	Giá tính thuế đơn vị tài nguyên	Ghi giá tính thuế theo quy định.
(6)	Thuế suất (%)	Ghi mức thuế suất áp dụng.
(7)	Mức thuế tài nguyên ấn định trên 1 đơn vị tài nguyên	Nếu có, ghi mức thuế ấn định; nếu không, để trống.
(8)	Thuế tài nguyên phải nộp	Xác định theo một trong hai công thức: Thông thường: Thuế phải nộp = Sản lượng × Giá tính thuế × Thuế suất Trường hợp áp dụng mức thuế ấn định: Thuế phải nộp = Sản lượng × Mức thuế ấn định
Tổng cộng	Cộng toàn bộ số thuế tài nguyên phải nộp của các dòng kê khai.

Mục II – Khai quyết toán thuế tài nguyên năm

Mục này chỉ áp dụng khi người nộp thuế thực hiện quyết toán thuế tài nguyên năm.

• Cột (1) đến cột (7): Thực hiện kê khai tương tự như Mục I.
• Cột (8) – Thuế tài nguyên phải nộp theo quyết toán năm”Xác định theo:
  • Thuế = Sản lượng × Giá tính thuế × Thuế suất; hoặc
  • Thuế = Sản lượng × Mức thuế ấn định (nếu thuộc trường hợp được ấn định).

• Cột (9) – Thuế tài nguyên đã kê khai trong năm: Ghi tổng số thuế tài nguyên đã kê khai của tất cả các kỳ khai thuế trong năm.
• Cột (10) – Chênh lệch giữa số quyết toán với số đã kê khai: Xác định theo công thức:

Chênh lệch = Thuế theo quyết toán năm − Thuế đã kê khai trong năm

• • Nếu số dương: người nộp thuế phải nộp bổ sung.
  • Nếu số âm: người nộp thuế được xử lý theo quy định về bù trừ hoặc hoàn thuế (nếu đáp ứng điều kiện).

Phần cam kết và ký tên

• Người đại diện theo pháp luật hoặc đại diện hợp pháp ký tên, ghi rõ họ tên, chức vụ và đóng dấu (nếu có).
• Nếu sử dụng đại lý thuế, cần có chữ ký của nhân viên đại lý thuế và số chứng chỉ hành nghề.

5.3. Thời hạn nộp hồ sơ khai thuế

Thuế tài nguyên là loại thuế được kê khai theo tháng, theo từng lần phát sinh, kê khai theo từng lần xuất bán và khai quyết toán khi kết thúc năm. Do đó, thời hạn nộp hồ sơ khai thuế tài nguyên được quy định như sau:

• Khai thuế theo tháng: Chậm nhất là ngày 20 của tháng tiếp theo tháng phát sinh nghĩa vụ thuế.
• Khai thuế theo từng lần phát sinh: Chậm nhất là ngày thứ 10 kể từ ngày phát sinh nghĩa vụ thuế.
• Quyết toán thuế năm: Chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng thứ 03 kể từ ngày kết thúc kỳ quyết toán thuế

5.4. Nơi nộp hồ sơ khai thuế

• Tổ chức, cá nhân khai thác tài nguyên: Nộp hồ sơ tại cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Trường hợp khai thác tại địa bàn khác tỉnh với trụ sở chính: Nộp hồ sơ tại cơ quan thuế nơi có hoạt động khai thác tài nguyên.
• Hoạt động sản xuất thủy điện có hồ nằm trên nhiều tỉnh: Nộp hồ sơ tại cơ quan thuế nơi có văn phòng điều hành nhà máy thủy điện.

6. Lưu ý khi hạch toán thuế tài nguyên

Việc hạch toán thuế tài nguyên đóng vai trò quan trọng trong công tác kế toán của doanh nghiệp khai thác. Nếu thực hiện không chính xác, doanh nghiệp có thể gặp sai sót trong kê khai, ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế và tài chính. Dưới đây là những điểm quan trọng cần lưu ý để đảm bảo hạch toán thuế tài nguyên đúng quy định và tránh rủi ro.

Xác định chính xác sản lượng khai thác và giá tính thuế

Sản lượng khai thác thực tế là căn cứ quan trọng để tính thuế tài nguyên. Nếu doanh nghiệp kê khai sai sản lượng, có thể bị truy thu thuế hoặc xử phạt do kê khai không đúng thực tế. Do đó, doanh nghiệp cần áp dụng các phương pháp đo lường chính xác và ghi nhận đầy đủ sản lượng khai thác trong kỳ.

Bên cạnh đó, giá tính thuế tài nguyên phải tuân theo quy định của UBND cấp tỉnh hoặc giá bán thực tế chưa bao gồm thuế GTGT. Nếu doanh nghiệp áp dụng giá tính thuế thấp hơn mức tối thiểu do Nhà nước quy định, cơ quan thuế có thể yêu cầu điều chỉnh và truy thu phần chênh lệch. Vì vậy, kế toán cần cập nhật thường xuyên các quy định về giá tính thuế để đảm bảo kê khai đúng.

Tuân thủ đúng nguyên tắc hạch toán theo thông tư áp dụng

Khi hạch toán thuế tài nguyên, doanh nghiệp cần tuân theo hệ thống tài khoản kế toán hiện hành để đảm bảo báo cáo tài chính phản ánh đúng nghĩa vụ thuế.

Việc sử dụng sai tài khoản có thể làm sai lệch báo cáo tài chính, ảnh hưởng đến việc xác định chi phí và lợi nhuận của doanh nghiệp. Do đó, kế toán cần đảm bảo áp dụng đúng thông tư kế toán theo quy mô và loại hình doanh nghiệp.

Theo dõi chặt chẽ các khoản thuế phải nộp, đã nộp và còn phải nộp

Một trong những nguyên nhân khiến doanh nghiệp gặp rủi ro về thuế là không theo dõi sát sao nghĩa vụ thuế. Để tránh tình trạng này, doanh nghiệp cần mở sổ chi tiết theo dõi các khoản thuế, bao gồm:

• Số thuế đã kê khai nhưng chưa nộp.
• Số thuế đã nộp vào ngân sách Nhà nước.
• Số thuế còn phải nộp trong kỳ kế toán.

Việc theo dõi chặt chẽ giúp doanh nghiệp kiểm soát tốt các khoản thuế, tránh sai sót trong kê khai và chủ động hơn trong kế hoạch tài chính. Nếu không theo dõi sát sao, doanh nghiệp có thể vô tình chậm nộp thuế hoặc gặp khó khăn khi quyết toán thuế với cơ quan thuế.

Đảm bảo nộp thuế đúng hạn để tránh bị phạt

Theo quy định, tờ khai thuế tài nguyên phải được nộp trước ngày 20 của tháng tiếp theo. Nếu doanh nghiệp nộp chậm, có thể bị xử phạt hành chính hoặc bị tính lãi suất phạt chậm nộp theo quy định của cơ quan thuế. Trong một số trường hợp, cơ quan thuế có thể thực hiện thanh tra và truy thu thuế, gây gián đoạn hoạt động kinh doanh và ảnh hưởng đến uy tín doanh nghiệp.

Để đảm bảo nộp thuế đúng hạn, doanh nghiệp nên có kế hoạch tài chính rõ ràng, thường xuyên kiểm tra các khoản thuế cần nộp và sử dụng phần mềm kế toán để theo dõi nghĩa vụ thuế.

Kết luận

Hạch toán thuế tài nguyên là một phần quan trọng trong quản lý tài chính của doanh nghiệp khai thác tài nguyên thiên nhiên. Việc thực hiện đúng quy định không chỉ giúp doanh nghiệp tránh các sai sót và rủi ro pháp lý, mà còn tối ưu chi phí và nâng cao tính minh bạch tài chính. Để quản lý thuế tài nguyên hiệu quả, doanh nghiệp cần xác định chính xác sản lượng khai thác, áp dụng đúng nguyên tắc hạch toán, theo dõi nghĩa vụ thuế chặt chẽ và nộp thuế đúng hạn.

Để hỗ trợ doanh nghiệp tự động hóa quy trình hạch toán, kê khai và quản lý thuế, phần mềm kế toán online MISA AMIS là giải pháp hàng đầu với nhiều tính năng ưu việt:

• Tích hợp với hệ thống ngân hàng giúp doanh nghiệp dễ dàng tra cứu và nộp thuế trực tuyến, tiết kiệm thời gian.
  
• Theo dõi, quản lý thuế theo thời gian thực, giúp doanh nghiệp kiểm soát chặt chẽ các khoản thuế phải nộp, đã nộp và còn nợ.
  
• Cập nhật chính sách thuế mới nhất để đảm bảo doanh nghiệp luôn tuân thủ đúng quy định của Nhà nước.
  
• Tự động lập báo cáo thuế và hỗ trợ kê khai theo đúng mẫu biểu, giúp kế toán viên giảm bớt khối lượng công việc thủ công.

Với phần mềm kế toán online MISA AMIS, doanh nghiệp có thể nâng cao hiệu quả quản lý thuế tài nguyên, tiết kiệm thời gian, giảm thiểu rủi ro và tối ưu hóa chi phí vận hành.

Đăng ký dùng thử ngay để trải nghiệm 15 ngày miễn phí giải pháp kế toán số hóa giúp doanh nghiệp quản lý thuế dễ dàng và chính xác hơn