Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử là thủ tục bắt buộc đối với doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh khi bắt đầu sử dụng hoặc thay đổi thông tin đăng ký. Từ ngày 01/07/2026, quy định về hóa đơn điện tử, chứng từ điện tử được thực hiện theo Nghị định 254/2026/NĐ-CP và Thông tư 91/2026/TT-BTC, thay thế các quy định trước đây và cập nhật nhiều nội dung quan trọng về đăng ký, quản lý, sử dụng hóa đơn điện tử.
1. Hóa đơn điện tử là gì?
Hóa đơn điện tử (HĐĐT) là một loại chứng từ kế toán được lập và lưu trữ dưới dạng dữ liệu điện tử, sử dụng trong các giao dịch bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ. Thay vì sử dụng hóa đơn giấy, hóa đơn điện tử được lập, ký số, và gửi đi qua hệ thống phần mềm, đảm bảo tính hợp pháp và bảo mật thông tin.
Hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền có kết nối chuyển dữ liệu điện tử với cơ quan thuế (sau đây gọi là hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền) là hóa đơn có mã của cơ quan thuế hoặc dữ liệu điện tử để người mua có thể truy xuất, kê khai thông tin hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền do tổ chức, cá nhân bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ lập từ hệ thống tính tiền, dữ liệu được chuyển đến cơ quan thuế theo định dạng được quy định
Việc sử dụng hóa đơn điện tử mang lại nhiều lợi ích cho doanh nghiệp, bao gồm:
- Tiết kiệm chi phí: Giảm thiểu chi phí in ấn, vận chuyển và lưu trữ hóa đơn.
- Tăng tính hiệu quả: Dễ dàng quản lý, tra cứu và đối chiếu thông tin.
- Tuân thủ pháp luật: Phù hợp với quy định bắt buộc áp dụng HĐĐT của cơ quan thuế.
- Hạn chế rủi ro: Ngăn chặn gian lận hóa đơn và giảm lỗi sai sót trong giao dịch.
2. Những điểm mới về đăng ký, thay đổi thông tin sử dụng hóa đơn điện tử theo Thông tư 91/2026
Theo Công văn 4831/CT-CS năm 2026, Thông tư 91/2026/TT-BTC đã có một số điểm mới liên quan đến thủ tục đăng ký, thay đổi thông tin sử dụng hóa đơn điện tử tại Điều 6, cụ thể:
1. Bổ sung quy định về thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử
Thông tư 91/2026/TT-BTC quy định, khi tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh có thay đổi thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử (trừ trường hợp ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử) thì thực hiện cập nhật theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT tại Phụ lục III thông qua Hệ thống thông tin quản lý thuế hoặc tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử.
Quy định này mở rộng phạm vi thay đổi thông tin, không chỉ tập trung vào trường hợp thay đổi thông tin về người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh, thành viên góp vốn hoặc chủ sở hữu như quy định trước đây tại Nghị định 70/2025/NĐ-CP.
2. Kéo dài thời hạn giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu
Trường hợp cơ quan thuế gửi thông báo yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu liên quan đến đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, thời hạn thực hiện được điều chỉnh từ 02 ngày làm việc lên 03 ngày làm việc.
Việc thay đổi này giúp người nộp thuế có thêm thời gian hoàn thiện hồ sơ, cung cấp thông tin theo yêu cầu của cơ quan thuế trong quá trình quản lý hóa đơn điện tử.
3. Những điều cần chuẩn bị trước khi đăng ký hóa đơn điện tử
3.1 Điều kiện để doanh nghiệp được sử dụng hóa đơn điện tử
Để được sử dụng hóa đơn điện tử (HĐĐT), tổ chức kinh tế, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh cần đáp ứng các điều kiện chung theo quy định pháp luật về hóa đơn, chứng từ, đồng thời bảo đảm yêu cầu về đăng ký, hạ tầng kỹ thuật và hình thức hóa đơn áp dụng.
| Nhóm nội dung | Điều kiện |
|---|---|
| 1. Điều kiện chung đối với người nộp thuế | |
| – Đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử với cơ quan thuế và được chấp nhận thông qua thông báo điện tử.- Có hệ thống hạ tầng kỹ thuật đáp ứng yêu cầu về phần mềm, thiết bị, lưu trữ, bảo mật và kết nối dữ liệu hóa đơn điện tử theo quy định.- Thông tin người đại diện hợp pháp được cơ quan thuế xác thực theo cơ sở dữ liệu quản lý thuế.- Người đại diện không thuộc trường hợp đang đại diện cho tổ chức có mã số thuế không hoạt động tại địa chỉ đăng ký hoặc chưa hoàn thành nghĩa vụ thuế. | |
| 2. Điều kiện theo từng hình thức hóa đơn điện tử | |
| Hóa đơn điện tử không có mã của cơ quan thuế | – Có khả năng giao dịch điện tử với cơ quan thuế.- Có phần mềm kế toán hoặc phần mềm lập hóa đơn điện tử đáp ứng yêu cầu lập, tra cứu, lưu trữ và quản lý dữ liệu hóa đơn.- Bảo đảm truyền nhận dữ liệu hóa đơn điện tử đến người mua và cơ quan thuế đầy đủ, chính xác, liên tục.- Không thuộc trường hợp rủi ro cao về thuế theo tiêu chí quản lý của cơ quan thuế. |
| Hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền | – Có hệ thống máy tính tiền kết nối và truyền nhận dữ liệu điện tử với cơ quan thuế.- Máy tính tiền có chức năng lập hóa đơn, lưu trữ thông tin giao dịch và chuyển dữ liệu theo định dạng chuẩn đến cơ quan thuế. |
| 3. Điều kiện đối với hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh | |
| – Sử dụng hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế hoặc hóa đơn điện tử khởi tạo từ máy tính tiền khi thuộc ngưỡng doanh thu theo quy định.- Thực hiện đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử trong thời hạn quy định khi thuộc diện bắt buộc.- Trường hợp sử dụng hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh, phải khai và nộp thuế trước khi được cấp hóa đơn điện tử có mã. | |
| 4. Điều kiện đối với tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử | |
| – Có đội ngũ nhân sự công nghệ thông tin đáp ứng yêu cầu vận hành hệ thống.- Có hệ thống kỹ thuật, phần mềm, thiết bị bảo mật, sao lưu và phục hồi dữ liệu đảm bảo hoạt động ổn định.- Đáp ứng điều kiện về ký quỹ hoặc bảo lãnh ngân hàng theo quy định đối với tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử. | |
3.2 Hồ sơ cần chuẩn bị cho thủ tục đăng ký hóa đơn điện tử
Khi đăng ký HĐĐT, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ các hồ sơ sau:
- Tờ khai đăng ký/thay đổi thông tin sử dụng HĐĐT: Theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT tại tại Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư 91/2026/TT-BTC.
- Thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, bao gồm:
- Thông tin người nộp thuế;
- Loại hóa đơn điện tử đăng ký sử dụng;
- Hình thức chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế;
- Thông tin tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử (nếu đăng ký qua đơn vị cung cấp dịch vụ).
-
Thông tin xác thực khi đăng ký, bao gồm:
- Chữ ký số của người nộp thuế để thực hiện giao dịch điện tử với cơ quan thuế;
- Thông tin của người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh như số định danh cá nhân, số điện thoại, email đã đăng ký với cơ quan thuế để phục vụ việc đối chiếu, xác thực thông tin theo quy định.
- Hồ sơ giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu (trường hợp được yêu cầu). Nếu cơ quan thuế yêu cầu làm rõ thông tin đăng ký, người nộp thuế thực hiện giải trình, bổ sung theo thông báo của cơ quan thuế trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được yêu cầu.
-
Một số trường hợp đặc biệt:
- Hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh đề nghị cấp hóa đơn điện tử có mã của cơ quan thuế theo từng lần phát sinh: thực hiện thêm đề nghị theo Mẫu số 06/ĐN-PSĐT tại Phụ lục III.
- Trường hợp ủy nhiệm lập hóa đơn điện tử: thực hiện thông báo thông tin ủy nhiệm theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT; hợp đồng ủy nhiệm được các bên lưu trữ để xuất trình khi cơ quan có thẩm quyền yêu cầu, không phải nộp kèm hồ sơ đăng ký ban đầu.
- Doanh nghiệp đăng ký kết nối trực tiếp với cơ quan thuế để truyền dữ liệu hóa đơn điện tử: phải đáp ứng thêm yêu cầu về hạ tầng kỹ thuật, phối hợp cấu hình và kiểm thử kết nối với cơ quan thuế trước khi truyền dữ liệu chính thức.
> Tải ngay Mẫu 01/ĐKTĐ-HĐĐT Phụ lục III của thông tư 91/2026 Tại đây
Hiện nay, trên thị trường có nhiều đơn vị thực hiện cung cấp các giải pháp hóa đơn điện tử tích hợp trên phần mềm kế toán. Tuy nhiên, DN nên ưu tiên các nhà cung cấp được Cục Thuế khuyến nghị. Trong đó, MISA là đơn vị được Cục Thuế đánh giá cao bởi những tính năng thông minh, vượt trội và tính an toàn bảo mật cao.
Phần mềm kế toán online MISA AMIS cho phép doanh nghiệp tự động ghi nhận hóa đơn, chứng từ đầu vào và phát hành hóa đơn điện tử ngay trên phần mềm, tự động hạch toán doanh thu ngay khi lập hóa đơn.
| >> DÙNG THỬ MIỄN PHÍ – PHẦN MỀM KẾ TOÁN ONLINE MISA AMIS |
4. Thủ tục đăng ký hóa đơn điện tử từ 01/07/2026
4.1. Thủ tục đăng ký hóa đơn điện tử lần đầu cho doanh nghiệp mới thành lập
Quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử (HĐĐT) theo Thông tư 91/2026/TT-BTC được thực hiện theo các bước sau:
Bước 1: Chuẩn bị thông tin đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử
Người nộp thuế chuẩn bị các thông tin cần thiết để đăng ký, bao gồm:
- Thông tin doanh nghiệp, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh;
- Loại hóa đơn điện tử đăng ký sử dụng;
- Phương thức chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử đến cơ quan thuế;
- Thông tin tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử (nếu có).
Bước 2: Lập và gửi tờ khai đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử
Người nộp thuế lập Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT tại Phụ lục III Thông tư 91/2026/TT-BTC và gửi đến cơ quan thuế thông qua:
- Hệ thống thông tin quản lý thuế;
- Tổ chức cung cấp dịch vụ hóa đơn điện tử;
- Cổng Dịch vụ công Quốc gia (đối với trường hợp được phép).
Bước 3: Cơ quan thuế tiếp nhận và kiểm tra thông tin đăng ký
Trong thời hạn theo quy định, hệ thống quản lý thuế thực hiện:
- Tiếp nhận hồ sơ đăng ký;
- Đối chiếu thông tin người đại diện theo pháp luật, đại diện hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh với dữ liệu quản lý;
- Xác thực thông tin theo quy định về định danh, xác thực điện tử.
Bước 4: Xác nhận hoặc giải trình, bổ sung thông tin (nếu có)
- Nếu thông tin hợp lệ, người nộp thuế xác nhận theo yêu cầu của hệ thống để hoàn tất đăng ký.
- Nếu có sai lệch hoặc thuộc trường hợp cần kiểm tra, cơ quan thuế yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu.
- Người nộp thuế thực hiện giải trình trong thời hạn 03 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo.
Bước 5: Nhận thông báo chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử
Cơ quan thuế gửi Thông báo chấp nhận hoặc không chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo mẫu quy định. Sau khi được chấp nhận, người nộp thuế có thể thực hiện phát hành và sử dụng hóa đơn điện tử theo hình thức đã đăng ký.
4.2. Trường hợp thay đổi thông tin đã đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử
Theo Điều 6 Thông tư 91/2026/TT-BTC, khi có thay đổi thông tin đã đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử (HĐĐT) (trừ trường hợp ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng HĐĐT), tổ chức kinh tế, tổ chức khác, hộ kinh doanh, cá nhân kinh doanh thực hiện cập nhật thông tin như sau:
- Lập tờ khai thay đổi thông tin sử dụng hóa đơn điện tử theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT tại Phụ lục III ban hành kèm theo Thông tư 91/2026/TT-BTC.
- Cơ quan thuế tiếp nhận và xử lý thông tin thay đổi theo quy trình đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử, bao gồm việc kiểm tra, đối chiếu thông tin đăng ký và gửi thông báo điện tử về kết quả xử lý.
- Trường hợp công ty mẹ cần khai thác dữ liệu hóa đơn điện tử của chi nhánh, đơn vị phụ thuộc, công ty mẹ thực hiện thông báo với cơ quan thuế quản lý trực tiếp theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT.
Lưu ý: Việc thay đổi thông tin đăng ký sử dụng HĐĐT không áp dụng đối với trường hợp ngừng hoặc tạm ngừng sử dụng hóa đơn điện tử, bởi các trường hợp này thực hiện theo quy định riêng tại Điều 8 Thông tư 91/2026/TT-BTC.
4.3. Thủ tục đăng ký chuyển đổi dữ liệu hóa đơn điện tử.
Đối với tổ chức kinh tế đăng ký chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử theo hình thức gửi trực tiếp đến cơ quan thuế theo quy định tại điểm b.1 khoản 3 Điều 16 Nghị định 254/2026/NĐ-CP, sau khi được cơ quan thuế chấp nhận đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Mẫu số 01/TB-ĐKĐT tại Phụ lục IV Thông tư 91/2026/TT-BTC, doanh nghiệp thực hiện các bước sau:
- Trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày nhận được thông báo chấp nhận đăng ký, doanh nghiệp phải chuẩn bị đầy đủ điều kiện về hạ tầng kỹ thuật và thông báo cho Cục Thuế để phối hợp cấu hình hệ thống, thiết lập kết nối và kiểm thử truyền nhận dữ liệu.
- Cục Thuế thực hiện kiểm thử kết nối, truyền nhận dữ liệu trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày nhận được đề nghị phối hợp của doanh nghiệp.
- Trường hợp kết quả kiểm thử thành công, doanh nghiệp thực hiện chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử trực tiếp đến cơ quan thuế theo phương thức đã đăng ký.
- Trường hợp doanh nghiệp không thông báo cho Cục Thuế để phối hợp kết nối trong thời hạn 05 ngày làm việc hoặc kết quả kiểm thử kết nối, truyền nhận dữ liệu không đạt yêu cầu, doanh nghiệp phải thực hiện thay đổi đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử theo Mẫu số 01/ĐKTĐ-HĐĐT tại Phụ lục III Thông tư 91/2026/TT-BTC và chuyển sang phương thức truyền dữ liệu thông qua tổ chức kết nối, nhận, truyền và lưu trữ dữ liệu hóa đơn điện tử với cơ quan thuế.
5. Một số câu hỏi thường gặp về thủ tục đăng ký hóa đơn điện tử
Thời hạn giải quyết hồ sơ đăng ký sử dụng hóa đơn điện tử là bao lâu?
- Tiếp nhận và đối chiếu tự động: Trong vòng 01 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận đăng ký, hệ thống sẽ tự động đối chiếu thông tin người đại diện với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư.
- Trả kết quả chấp nhận: Nếu thông tin khớp đúng và doanh nghiệp không thuộc diện rủi ro, cơ quan thuế sẽ ban hành Thông báo chấp nhận (Mẫu số 01/TB-ĐKĐT) chậm nhất là ngày làm việc tiếp theo.
- Trường hợp đặc thù: Đối với nhà cung cấp nước ngoài đăng ký qua Cổng thông tin điện tử, thời gian xử lý tờ khai là trong vòng 02 ngày làm việc
Doanh nghiệp cần làm gì nếu bị từ chối hồ sơ đăng ký hóa đơn điện tử?
- Nếu thông tin không khớp đúng: Hệ thống sẽ tự động gửi thông báo các trường thông tin bị sai lệch. Doanh nghiệp cần điều chỉnh lại thông tin đã kê khai để nộp lại.
- Nếu thuộc diện phải giải trình: Trong vòng 01 ngày làm việc, cơ quan thuế sẽ gửi Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin (Mẫu số 01/TB-BSTT-NNT). Doanh nghiệp có 03 ngày làm việc để nộp văn bản giải trình hoặc tài liệu chứng minh.
- Xác minh thực tế: Nếu doanh nghiệp không giải trình hoặc giải trình không thỏa đáng, cơ quan thuế quản lý trực tiếp sẽ tiến hành xác minh hoạt động thực tế tại địa chỉ đã đăng ký trước khi đưa ra quyết định cuối cùng.
- Nếu bị từ chối chính thức: Doanh nghiệp cần xem kỹ lý do từ chối được ghi rõ trong Thông báo Mẫu số 01/TB-ĐKĐT để khắc phục triệt để các vướng mắc (ví dụ: người đại diện đang quản lý đơn vị nợ thuế, địa chỉ kinh doanh không tồn tại…) trước khi đăng ký lại
Có bắt buộc sử dụng nhà cung cấp phần mềm hóa đơn điện tử do cơ quan thuế chỉ định không?
Không. Doanh nghiệp có thể lựa chọn bất kỳ nhà cung cấp phần mềm hóa đơn điện tử nào đáp ứng được tiêu chuẩn kết nối với hệ thống của cơ quan thuế và đảm bảo các quy định pháp luật hiện hành.
Kết luận
Hiện nay, trong các đơn vị được Tổng cục Thuế cấp phép cung cấp hoá đơn điện tử, MISA được đánh giá vượt trội nhờ nhiều tính năng thông minh và hệ thống liên thông dữ liệu giữa hóa đơn điện tử với phần mềm kế toán. Phần mềm hoá đơn điện tử MISA meInvoice được kết nối trực tiếp với phần mềm kế toán online MISA AMIS, giúp kế toán có thể trực tiếp xuất hoá đơn ngay trên từ phần mềm, đồng bộ thông tin từ hóa đơn điện tử lên phần mềm kế toán để hạch toán tự động, chính xác và đầy đủ. Một số tính năng nổi bật có thể kể đến như:
- Khởi tạo mẫu hoá đơn điện tử từ bộ có sẵn: Chương trình có sẵn kho mẫu hóa đơn từ cơ bản đến đặc thù từng doanh nghiệp, đáp ứng nhu cầu sử dụng đa dạng, cho phép đơn vị lấy về sử dụng mà không mất công thiết kế lại;
- Kiểm tra tình trạng thông báo phát hành hóa đơn: Giúp kiểm soát được các tình trạng của Thông báo phát hành hóa đơn, từ đó tránh được việc bị phạt do phát hành HĐĐT khi chưa có hiệu lực;
- Đầy đủ báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn: Cho phép in được báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo tháng, quý, tuân thủ quy định mới nhất về quản lý và sử dụng hóa đơn của Bộ Tài chính.
Ngoài ra, phần mềm kế toán online MISA AMIS còn có nhiều tính năng, tiện ích khác giúp ích cho bộ phận kế toán doanh nghiệp trong quá trình thực hiện công việc.
Kính mời Quý Doanh nghiệp, Anh/Chị Kế toán doanh nghiệp đăng ký trải nghiệm miễn phí bản demo phần mềm kế toán online MISA AMIS:
Lưu ý: Nội dung bài viết được biên soạn dựa trên quy định pháp luật hiện hành tại thời điểm đăng tải, nhằm mục đích cung cấp thông tin tham khảo, không thay thế hoàn toàn tư vấn pháp lý, thuế hoặc kế toán chuyên biệt cho từng trường hợp cụ thể. Do quy định pháp luật có thể thay đổi hoặc áp dụng khác nhau tùy tình huống thực tế, MISA khuyến nghị người đọc đối chiếu văn bản pháp luật gốc (MISA có đính kèm căn cứ pháp lý gốc ở trên bài viết) hoặc liên hệ cơ quan thuế/chuyên gia tư vấn trước khi áp dụng. MISA không chịu trách nhiệm đối với thiệt hại phát sinh từ việc áp dụng thông tin trong bài viết mà không có sự xác minh phù hợp.
